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Gene | ![]() ![]() |
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Name: | pdeR ![]() |
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Synonym(s): | ECK1280, G6639, b1285, gmr, yciR | |
Genome position(nucleotides): | 1344757 <-- 1346742 Genome Browser | |
Strand: | reverse | |
Sequence: | Get nucleotide sequence FastaFormat | |
GC content %: |
48.49 | |
External database links: | ||
ASAP: |
ABE-0004317 | |
ECHOBASE: |
EB3191 | |
OU-MICROARRAY: |
b1285 | |
PortEco: |
gmr | |
STRING: |
511145.b1285 | |
COLOMBOS: | pdeR |
Product | ![]() ![]() |
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Name: | cyclic di-GMP phosphodiesterase PdeR | ||||||||||||||||||
Synonym(s): | Gmr, PdeR, YciR | ||||||||||||||||||
Sequence: | Get amino acid sequence Fasta Format | ||||||||||||||||||
Molecular weight: | 74.665 | ||||||||||||||||||
Isoelectric point: | 6.722 | ||||||||||||||||||
Motif(s): |
![]() |
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Classification: |
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Note(s): | Note(s): ...[more]. | ||||||||||||||||||
Reference(s): |
[1] Cimdins A., et al., 2017 [2] Somorin YM., et al., 2018 |
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External database links: | |||||||||||||||||||
DIP: |
DIP-11590N | ||||||||||||||||||
ECOCYC: |
G6639-MONOMER | ||||||||||||||||||
ECOLIWIKI: |
b1285 | ||||||||||||||||||
INTERPRO: |
IPR000160 | ||||||||||||||||||
INTERPRO: |
IPR035919 | ||||||||||||||||||
INTERPRO: |
IPR029787 | ||||||||||||||||||
INTERPRO: |
IPR035965 | ||||||||||||||||||
INTERPRO: |
IPR001633 | ||||||||||||||||||
INTERPRO: |
IPR000014 | ||||||||||||||||||
MINT: |
P77334 | ||||||||||||||||||
MODBASE: |
P77334 | ||||||||||||||||||
PFAM: |
PF00990 | ||||||||||||||||||
PFAM: |
PF13426 | ||||||||||||||||||
PFAM: |
PF00563 | ||||||||||||||||||
PRIDE: |
P77334 | ||||||||||||||||||
PRODB: |
PRO_000022822 | ||||||||||||||||||
PROSITE: |
PS50112 | ||||||||||||||||||
PROSITE: |
PS50887 | ||||||||||||||||||
PROSITE: |
PS50883 | ||||||||||||||||||
REFSEQ: |
NP_415801 | ||||||||||||||||||
SMART: |
SM00052 | ||||||||||||||||||
SMART: |
SM00091 | ||||||||||||||||||
SMART: |
SM00267 | ||||||||||||||||||
SMR: |
P77334 | ||||||||||||||||||
UNIPROT: |
P77334 | ||||||||||||||||||
RNA cis-regulatory element | ![]() |
---|---|
Attenuation: | Transcriptional |
Elements in the selected gene context region unrelated to any object in RegulonDB | ![]() ![]() |
---|
Type | Name | Post Left | Post Right | Strand | Notes | Evidence (Confirmed, Strong, Weak) | References | |
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promoter | yciTp1 | 1344544 | reverse |
Similarity to the consensus Read more > |
[ICWHO] | [3] | ||
promoter | TSS_1730 | 1344637 | reverse | nd | [RS-EPT-CBR] | [4] | ||
promoter | TSS_1731 | 1346842 | reverse | nd | [RS-EPT-CBR] | [4] |
Reference(s) |
![]() |
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