![]() ![]() ![]() ![]() |
Gene | ![]() ![]() |
|
---|---|---|
Name: | pdeN ![]() |
|
Synonym(s): | ECK2170, G7148, b2176, rtn | |
Genome position(nucleotides): | 2270726 --> 2272282 Genome Browser | |
Strand: | forward | |
Sequence: | Get nucleotide sequence FastaFormat | |
GC content %: |
50.55 | |
External database links: | ||
ASAP: |
ABE-0007203 | |
ECHOBASE: |
EB3830 | |
ECOLIHUB: |
rtn | |
OU-MICROARRAY: |
b2176 | |
STRING: |
511145.b2176 | |
COLOMBOS: | pdeN |
Product | ![]() ![]() |
||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Name: | putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeN | ||||||||||||||||||
Synonym(s): | PdeN, Rtn | ||||||||||||||||||
Sequence: | Get amino acid sequence Fasta Format | ||||||||||||||||||
Cellular location: | inner membrane,cytosol,periplasmic space | ||||||||||||||||||
Molecular weight: | 58.588 | ||||||||||||||||||
Isoelectric point: | 6.198 | ||||||||||||||||||
Motif(s): |
![]() |
||||||||||||||||||
|
|||||||||||||||||||
Classification: |
|
||||||||||||||||||
Note(s): | Note(s): ...[more]. | ||||||||||||||||||
Reference(s): | [1] Sarenko O., et al., 2017 | ||||||||||||||||||
External database links: | |||||||||||||||||||
DIP: |
DIP-10813N | ||||||||||||||||||
ECOCYC: |
G7148-MONOMER | ||||||||||||||||||
ECOLIWIKI: |
b2176 | ||||||||||||||||||
INTERPRO: |
IPR001633 | ||||||||||||||||||
INTERPRO: |
IPR024744 | ||||||||||||||||||
INTERPRO: |
IPR035919 | ||||||||||||||||||
PFAM: |
PF00563 | ||||||||||||||||||
PFAM: |
PF12792 | ||||||||||||||||||
PRIDE: |
P76446 | ||||||||||||||||||
PRODB: |
PRO_000023894 | ||||||||||||||||||
PROSITE: |
PS50883 | ||||||||||||||||||
REFSEQ: |
NP_416681 | ||||||||||||||||||
SMART: |
SM00052 | ||||||||||||||||||
SMR: |
P76446 | ||||||||||||||||||
UNIPROT: |
P76446 | ||||||||||||||||||
RNA cis-regulatory element | ![]() |
---|---|
Attenuation: | Transcriptional |
Elements in the selected gene context region unrelated to any object in RegulonDB | ![]() ![]() |
---|
Type | Name | Post Left | Post Right | Strand | Notes | Evidence (Confirmed, Strong, Weak) | References | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
promoter | rtnp1 | 2270678 | forward | nd | [ICWHO] | [2] | ||
promoter | yejAp | 2272312 | forward | nd | [AIPP], [ICWHO] | [2] | ||
promoter | TSS_2475 | 2272388 | forward | nd | [RS-EPT-CBR] | [3] | ||
promoter | TSS_2476 | 2273514 | reverse | nd | [RS-EPT-CBR] | [3] |
Reference(s) |
![]() |
---|---|